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geneious prime軟件是分子生物學與序列分析工具，在行業(yè)里基本上沒有哪個軟件能超過他，常用語生物信息學分析，支持序列比對、序列觀看等，內(nèi)置算法，包括檢測PCR工具、引物設計工具、引物測序工具等，使用起來比較好用；而且上手也簡單，用戶可以自由創(chuàng)建引物數(shù)據(jù)庫。
Geneious Prime非常專業(yè)并且是世界上領先的分子生物學和序列分析工具套件，對于分子生物學，該軟件還可以模擬各個步驟的分子克隆操作，特別是基于內(nèi)置的引物設計工具、檢測PCR工具、引物測序工具等，您可以根據(jù)自己的搜索習慣自由創(chuàng)建引物數(shù)據(jù)庫！軟件具有梯形擬合和峰值調(diào)用功能，并能自動生成基因型微衛(wèi)星位點和等位基因列表，提供業(yè)界最先進和全面的分子生物學和序列分析工具套件。還為用戶提供了序列比對、序列觀看、PCR引物設計等多種功能，它結合目前所有主要的生物信息學分析工具，可進行序列比對和序列觀看、Motif搜索和開放讀碼框、限制性內(nèi)切酶分析和PCR引物設計、蛋白質結構的觀看等操作。如果您需要在序列視圖中顯示帶注釋的基因組和特性匯編渲染圖，那么現(xiàn)在可以直接自定義和可視化這些良好的效果，自由地選擇算法，輕松地查看提供的變異調(diào)用！
一、3D蛋白質結構查看器
對于分子結構文檔，例如PDB文檔，這將顯示該結構的交互式三維視圖。
1、結構視圖操縱
單擊并拖動鼠標以旋轉結構。
按住Alt或Shift鍵，然后單擊并拖動以放大/縮小
按住Ctrl鍵，然后右鍵單擊并拖動以進行平移；如果使用Mac，請按住并按住Ctrl鍵和Alt / Option，然后拖動以進行平移。
2、選擇控件
結構右側是控件，可讓您控制結構的選定部分。
如果您正在查看的結構包含多個模型，則可以在模型組合框中進行選擇。
選擇按鈕使您可以選擇結構的全部，無選擇或未選擇的區(qū)域，以及按元素，組類型或輔助結構選擇。
突出顯示選中的復選框可讓您選擇是否在結構視圖中突出顯示選定的原子。
結構樹以樹格式顯示結構中的原子。單擊樹中的區(qū)域以選擇那些區(qū)域。您也可以按住Shift鍵和Ctrl鍵單擊一次以選擇多個區(qū)域。
該命令框使您可以鍵入任意的jmol腳本命令。要查看一些示例，請在框的下拉菜單中選擇一個預先填充的選項。
3、顯示菜單
查看器頂部是顯示菜單。您可以在此處修改結構的外觀。
“重置”使您可以重置結構的位置，將結構的外觀重置為默認外觀，或者將結構的外觀重置為其上次保存時的外觀。
顏色使您可以更改原子所選區(qū)域的配色方案。
樣式可讓您將分子所選區(qū)域的樣式更改為例如空格或卡通視圖。
原子使您可以隱藏原子或更改分子在選定區(qū)域中的大小。您還可以選擇是否顯示氫原子和原子符號。
鍵使您可以隱藏鍵或在分子的選定區(qū)域中更改鍵的大小。共價鍵/離子鍵，氫鍵和二硫鍵可分別受影響。
“效果”使您可以切換整個分子的自旋，抗鋸齒，立體和平板效果。
保存可保存分子的當前外觀。
二、RNA/DNA二級結構折疊查看器
1、默認情況下，當選擇寡序列中僅示出這個瀏覽器。如果要在非寡核苷酸序列上使用RNA折疊，請轉到工具→首選項→外觀和行為，然后啟用顯示所有序列上的顯示DNA/RNA折疊視圖選項。這將顯示任何小于3000 bp序列的標簽。如果選擇的序列是DNA，則選項卡將標記為DNA Fold，如果是RNA，則將標記為RNA Fold。
2、折疊預測由Vienna package RNAfold工具執(zhí)行。
使用“查看選項”，可以打開/打開和著色基礎，翻轉坐標，突出顯示序列的開始（藍色）和結束（紅色）并旋轉模型。與其他查看器一樣，您可以放大模型并拖動視圖，或者使用與序列查看器相同的鍵盤修改器使用滾輪。選擇在序列視圖和折疊視圖之間同步。此外，在拆分視圖模式下，折疊查看器在放大時將滾動到所選區(qū)域。默認情況下，將使用“按概率顏色”，其中紅色堿基是堿基在配對區(qū)域中彼此配對或在未配對區(qū)域中不配對的可能性最大的堿基。綠色是中間點，藍色是最低的概率。僅當使用分區(qū)功能時，才可以按概率進行顏色設置。更改它們的設置時，“計算選項”將重新運行RNAfold，因此，根據(jù)序列的大小，可能會有明顯的重新計算時間。
三、查看，編輯和提取注釋
1、注釋用于描述和可視化序列和比對中的特征，例如編碼區(qū)域，限制位點和重復元件。 注釋可以直接在序列查看器中的序列上注釋，也可以在邏輯上分為軌道。 軌道是一個或多個注釋類型的集合。 軌道垂直堆疊在所討論的序列下方，每個軌道及其注釋都有單獨的一行。
2、批注可能具有一個或多個與之關聯(lián)的屬性或限定符。 這些可以在創(chuàng)建注釋時添加，也可以在以后通過編輯注釋添加。 要查看給定注釋的屬性，請將鼠標放在序列查看器中。 這將顯示一個工具提示，列出該批注的名稱，類型，長度，間隔和順序以及任何其他限定符，通過將鼠標懸停在注釋上來顯示注釋屬性和限定符
四、填充注釋
Geneious Prime具有許多為序列添加注釋的功能。 它們可以手動添加，從外部來源導入，從其他序列轉移或作為結構或基因預測步驟的一部分添加。
1、分析CRISPR編輯結果
輕松對齊，聚類和可視化CRISPR編輯實驗中的NGS讀數(shù)。通過您選擇的應用程序（包括HDR，NHEJ和基礎編輯器）分析變體的頻率及其蛋白效應。
2、增強型搜索選項
通過一個統(tǒng)一的界面快速訪問您的文檔，文件夾，分析工具和最近查看的項目。
3、密碼子優(yōu)化和反向翻譯改進
2020.2 –將鼠標懸停在優(yōu)化密碼子上，以獲取有關同義密碼子及其頻率的更多信息。
2020.1 –為模型生物定制密碼子優(yōu)化參數(shù)。
2020年–全新的密碼子優(yōu)化算法使您可以通過從蛋白質或核苷酸序列開始生成新序列，來匹配所選生物體的密碼子用法。
4、分析CRISPR編輯結果的新工具
從CRISPR編輯實驗的結果中比對NGS測序并使其聚類
支持各種應用程序，包括HDR，NHEJ和基本編輯器
可視化與未突變參考序列相比的變體
分析變體的頻率及其蛋白效應
5、增強的搜索界面
使用文本查詢從單個統(tǒng)一界面實時搜索文件夾和文檔
搜索Geneious Prime中可用的分析工具（操作）的新功能
輕松訪問其他高級搜索選項
快速訪問最近查看的文件夾和文檔
6、密碼子優(yōu)化改進
有關優(yōu)化密碼子注釋的信息工具提示可在所選密碼子使用表中提供有關同義密碼子及其頻率的信息
現(xiàn)在，在通過選擇注釋優(yōu)化選擇的區(qū)域時，將考慮包括方向性和CDS codon_start信息在內(nèi)的注釋屬性
當以多個間隔優(yōu)化選定注釋時，跨間隔優(yōu)化選擇，并且允許密碼子跨越相鄰間隔
當優(yōu)化反向選擇區(qū)域時，反向互補序列現(xiàn)在已優(yōu)化
1、變體調(diào)用和表達分析
使用FreeBayes調(diào)用SNP /變體
使用同步的基因組視圖對表格結果進行實時過濾
在映射的RNA-seq數(shù)據(jù)上計算和比較表達水平
使用PCA和火山圖進行可視化
2、序列分析
修剪，組裝和查看Sanger測序跟蹤文件
更正基礎調(diào)用并創(chuàng)建共識序列
注釋主題，ORF和重復
預測基因和結構元素
通過針對數(shù)據(jù)庫的相似性搜索進行實時注釋
快速翻譯選擇內(nèi)容，或顯示注釋或所選框架的翻譯
動態(tài)圖和統(tǒng)計信息，用于序列特性，例如pI，分子量，熔點，AA組成等
3、NGS預處理
導入Illumina，PacBio和NanoPore讀取
修剪，過濾和解復用單端和成對端數(shù)據(jù)
合并配對的讀
重復數(shù)據(jù)刪除
錯誤糾正和規(guī)范化
濾除嵌合體
學到更多
4、制圖和重新組裝
只需在業(yè)界領先的制圖算法和從頭組裝算法之間切換
支持匯編Sanger和NGS數(shù)據(jù)，包括任何長度的Illumina，PacBio和Oxford納米孔讀取，包括雙端讀取和混合裝配
組裝微生物基因組，質粒和其他環(huán)狀序列時產(chǎn)生環(huán)狀重疊群
基因組比較和MAUVE基因組比對結束
映射程序包括BBMap，Minimap2，Bowtie2和TopHat
從頭組裝算法，包括SPAdes，F(xiàn)lye，MIRA，Tadpole和Velvet
5、序列比對
DNA或蛋白質的多重和成對序列比對，包括全基因組比對
與包括Aligner，MUSCLE，MAFFT，Clustal Omega，MAUVE和LastZ在內(nèi)的可信算法保持一致
使用實時翻譯和突出顯示查看和編輯路線
6、系統(tǒng)發(fā)育學
使用Geneious Prime 2021樹構建器，MrBayes，PAUP *，PhyML，RAxML等構建樹
可視化，編輯和標記您的樹
交互式距離矩陣查看器
出版物質量出口
7、微衛(wèi)星分析
導入原始ABI跟蹤文件
修剪，預測和手動調(diào)整峰
Bin進入等位基因
產(chǎn)生等位基因調(diào)用的表格輸出
8、分子克隆
查看質粒圖譜，自動注釋載體以及帶有注釋的復制粘貼序列
一步式GoldenGate（IIS類型）和限制克隆
基于同源性的克隆，包括Gibson，GeneArt和In-Fusion
TOPO克隆
克隆操作的父母/后代血統(tǒng)追蹤
密碼子優(yōu)化和反向翻譯
沉默突變分析以發(fā)現(xiàn)潛在的限制性酶切位點
模擬PCR，消化和連接
CRISPR站點查找器
9、底漆設計
自動設計針對任何目標區(qū)域或整個序列的PCR和測序引物以及雜交探針
在序列視圖中輕松添加引物
設計基本和簡并PCR引物
在設計過程之前，之中或之后添加和刪除引物序列的延伸
引物特異性測試，以檢查模板序列上是否有其他結合位點
篩選物理性質，發(fā)夾和引物二聚體
以FASTA，電子表格或GenBank格式拖放引物
10、數(shù)據(jù)管理與協(xié)作
拖放導入文件和文件夾，包括 Vector NTI數(shù)據(jù)庫
將電子表格中的元數(shù)據(jù)導入序列和其他文檔
智能NGS導入-一步導入任何種類的SAM，BAM，GFF，BED和VCF文件
直觀的基于文件夾的項目組織
無縫集成共享數(shù)據(jù)庫
快速搜索數(shù)據(jù)庫中的所有序列和元數(shù)據(jù)
廣泛的出口選擇
11、搜索和爆炸
直接訪問NCBI公共BLAST數(shù)據(jù)庫
私人本地數(shù)據(jù)庫的自定義BLAST
集成搜索外部數(shù)據(jù)庫，包括GenBank和UniProt
將序列直接上傳到GenBank
在PubMed中搜索文獻
針對本地或共享數(shù)據(jù)庫的高級搜索
12、工作流程
使用可視化編輯器創(chuàng)建用于自動化批量分析的工作流
超過20種內(nèi)置工作流，用于執(zhí)行管道，包括將變體應用于參考序列，圖譜讀取然后查找SNP和隨機采樣序列
通過編寫自定義代碼工作流的選項擴展功能
13、API和開發(fā)人員
使用插件開發(fā)套件添加特殊功能或與其他系統(tǒng)集成
添加您喜歡的算法，數(shù)據(jù)庫或可視化
1、領先的解決方案
廣泛的解決方案在世界范圍內(nèi)使用。小型生物技術初創(chuàng)企業(yè)，大型制藥組織，學術團體以及介于兩者之間的每個人都使用Geneious優(yōu)化序列數(shù)據(jù)管理，鼓勵一致性和協(xié)作性并加上快速分析速度。
2、生物制藥藥物發(fā)現(xiàn)
從事治療抗體研發(fā)的企業(yè)正在選擇Geneious Biologics，以快速，準確地探查大量抗體序列信息，以縮小對成功候選者的搜索范圍并進行更快的創(chuàng)新。
如何運作：Geneious Biologics與Geneious Prime完全相互操作。無縫的云集成使用戶可以將序列數(shù)據(jù)從Geneious Biologics實時傳輸?shù)紾eneious Prime，反之亦然，從而簡化了用于下游處理的NGS抗體的傳輸。
盡量減少在應用程序之間導出NGS和化驗數(shù)據(jù)的需要，消除了重大的數(shù)據(jù)管理挑戰(zhàn)，并降低了數(shù)據(jù)丟失風險。在Geneious Biologics云平臺上管理的工作流是可記錄和可溯源的，從而簡化了整個藥物返現(xiàn)過程中抗體NGS數(shù)據(jù)流。在云中整合抗體研究數(shù)據(jù)還可以減緩信息的可追溯性，這是保護關鍵IP的重要考慮因素。
3、商業(yè)生命科學
在制藥，診斷和農(nóng)業(yè)科學等眾多領域工作的組織使用Geneious Prime來提高團隊的效率并釋放序列數(shù)據(jù)的價值。
如何運作：Geneious Prime出色的互操作性，包括API，插件開發(fā)和創(chuàng)建工作流的能力，意味著科學可以更快地完成。集中化程序列數(shù)據(jù)管理和分析可減少團隊之間的混亂，并最大程度地提高寫作的收益。
Geneious Prime提供了市場最廣泛的分析工具。輕松的分子克隆應用程序是隨行業(yè)趨勢而更新的，并且諸如組裝，比對和BLAST搜索之類的工具在一個全面的套件中都可用。用戶可以迅速掌握Geneious Prime的直觀設計，從而減少了訓練團隊所需的時間。
4、學術與政府研究
學生，學者和政府專業(yè)人員可以控制他們的序列數(shù)據(jù)并發(fā)現(xiàn)有價值的見解。Geneious Prime在賦予科學力量方面的聲譽使其成功為世界上被引用次數(shù)最多的序列分析和管理關鍵。
如何運行：由于其運行的全面性，Geneious Prime在眾多研究學科中扮演著不可或缺的角色。可以簡單地導入或轉換包括NGS在內(nèi)的各種數(shù)據(jù)類型，從而是科學家可以利用新的測序技術，并最大限度地利用舊數(shù)據(jù)集的價值。
系統(tǒng)發(fā)育學家可以使用最佳的同行評審算法來比對序列和構建樹�？梢栽趯嶒炇夜ぷ髦霸O計克隆策略�？梢宰⑨尰蚪M，并使用功能強大的工具檢測變異。序列可以輕松對齊和組裝。Geneious Prime是教學許多學科基礎知識的絕佳工具，因為它為學習者提供了直觀的接觸點。
Windows 7、8、8.1和10。請注意，Geneious Prime 2020及更高版本不支持32位Windows
注意：Windows不支持以下插件：TopHat，Velvet Optimiser
注意：使用Spades和Flye插件需要Windows 10以及用于Linux的Windows子系統(tǒng)
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